Słowacki Raj leży we wschodnej części Republiky Słowackiej, na północy pasma górskiego Slovenské rudohorie, gdzie razem z Muránską połoniną tworzą Spišsko-gemerský kras. Na zachodzie graniczy z górami Nízke Tatry, od strony północnej z Hornádską kotliną.

Obszar Parku Narodowego wynosi 19 763 ha, obszar jego strefy pod ochroną jest 13 011 ha.

Słowacki Raj ma przeważny charakter płaskowyżu krasowego. Pierwotnie jednolita płaszczyzna jest obecnie poprzez wąwozy rozczłonkowana na kilka płaskowyżów krasowych. Najbardziej typowe to Glac, Geravy, Pelc i Skala. Najlepiej zachowany i największy jest płaskowyż Glac położony w centralnej części Słowackiego Raju o obszarze ponad 3 km2.

Wąwozy, wyżłobione przez wody potoków spływających z płaskowyżów, mają wąskie odcinki ze stromymi turniami, z licznymi stopniami skalnymi i wodospadami. Oprócz jednego, wszystkie znajdują się w północnej części obszaru. W obrzeża Słowackiego Raju wrzynają sie kaniony tworzące koryta rzek – na północy to kanion rzeki Hornád, na południu rzeky Hnilec.

Wewnątrz wapniennego masywu woda wyrzeźbiła rozległe układy jaskiń. Spośród ponad 450 zarejestrowanych jaskiń, przepaści i wgłębień wrytych w skałach został jeden osobliwy obiekt wpisany na Listę Światowego Dziedzictwa Przyrodniczego UNESCO – kompleks jaskiń Duča, który tworzą Dobšinská ľadová jaskyňa, Stratenská jaskyňa i Psie diery o łącznej długości 21 737 km i głębokości 194 m.