Aż 90 % obszaru Słowackiego Raju stanowią lasy. Przeważnie bukowe i zmieszane bukowo-jodłowe, w wąwozach i na obrzeżach obszaru świerkowe. Występują tu także cenne porosty reliktowe sosny i świerka w tych najbardziej estremalnych skal n ych stanowiskach. Zróżnicowanie jeszcze podkreślają zboczowe lasy klonowo-lipowe i lasy łęgowe, najczęściej olchowe.

Jednym z w yjątkowych zjawisk w Parku Narodowym jest pionowa inwersja w wąwozach. Ta przyczynia się do tego, że występują tu na wyżej położonych stanowiskach rośliny i zwierzęta ciepłolubne a na dnie kanionów rośliny i zwierzęta lubiące chłód.

Rozczłonkowana rzeźba terenu i jego skład tworzą doskonałe warunki dla zróżnicowanego świata roślinnego. Rośnie tu prawie 1 000 gatunków roślin wyższych, z tego aż 35 jest objętych ochroną. Znajdziemy tu rośliny uwielbiaj ą ce nasłonecznione skalne turnie, polne kwiaty, leśne roślina cieniolubne oraz gatunki lubiące chłód, rosnące na dnie wąwozów i przepadlin.  Przyrodę Słowackiego Raju zdobią od wczesnej wiosny do późnej jesieni cenne i rzadkie gatun k i, którym grozi zanik, takie jak: sasanka s ł owacka, języczka syberyjska, kosaciec bezlistny węgierski, wawrzynek pachnący, szarotka alpejska, największa słowacka orchidea – obuwik pospolity i wiele innych.

W Słowackim Raju stwierdzono dotąd ponad 4 000 gatunków bezkręgowców i 200 gatunków kręgowców, z których 130 jest pod ochroną a 65 należy do gatunków, którym grozi zaginięcie. Z drapieżników żyje tu niedźwiedź brązowy, ryś euroazjatycki, wilk szary i żbik. Na szlakach turystycznych można spotkać kozicę alpejską, wypuszczoną w Słowackim Raju w roku 1963. Skaliste turnie udzielają schronienia ptakom drapieżnym, z których orzeł skalny i orlik krzykliwy również należą do gatunków zagrożonych wyginięciem. Bardzo rzadkim i zagrożonym gatunkiem jest głuszec zwyczajny. W jaskiniach znajduje swój dom kilka gatunków nietoperzy, z których najbardziej zagrożonym jest nocek wąsatek i nocek orzęsiony. W okolicy zbiorników wodnych żyje rzadko występująca wydra rzeczna, z płazów ziemnowodnych tu występuje traszka grzebieniasta. Z ponad 2 000 gatunków motyli jest prawie 30 pod ochroną, włącznie z największym dziennym motylem niepylakiem apollo.

Dla ochrony osobliwej i wrażliwej przyrody Słowackiego Raju utworzono tzw. „strefy cicha“, miejsca niedostępne dla turystów, których zadaniem jest ochrona oryginalnego środowiska naturalnego i zachownie chronionych i zagrożonych gatunków.